Inventeringar har visat att Stora Vika är en av Stockholms läns artrikaste och mest värdefulla fjärilslokaler, med apollofjäril (Parnassius apollo) som flaggskepp. Sammanlagt har hittills hela 47 rödlistade fjärilsarter hittats i Stora Vika.

Längs Fjärilsstigen, en natur- och kulturstig som går runt kalkbrottet, finns skyltar med information som gör det lätt för besökare att få veta mer om områdets natur- och kulturvärden. Det finns också skyltar med lek-och-lär-uppdrag för unga besökare.

Hela området är som en lärobok i ekologi, eftersom de olika fjärilarna ofta är hårt bundna till vissa växter. Som larver behöver de en värdväxt att leva på och äta av, och som imago (fullbildad fjäril) behöver de nektarväxter för att klara sig. Apollofjärilen är ett bra exempel. Den är knuten till värdväxterna kärleksört (Sedum telephium) och vit fetknopp (Sedum album) och nektarväxter som t.ex. kungsmynta och olika tistlar. Genom att vårda floran på lämpligt sätt vårdas därmed också fjärilarna. I Stora Vika handlar vården i första hand om att se till att de kalkrika markerna inte växer igen, så att örter på marken får det ljus de behöver.

Inventeringsrapporter om fjärilar och växter i Stora Vika finns att ladda ned från Nynäshamns Naturskyddsförenings hemsida: http://nynashamn.naturskyddsforeningen.se/fjarilarnas-marker-i-stora-vika/